O Departamento de Proteção Social Especial é responsável pelos programas e projetos de nível de Proteção Social Especial de Média e Alta Complexidade. 

São considerados serviços de média complexidade aqueles que oferecem atendimento às famílias e indivíduos com seus direitos violados, mas cujos vínculos familiares e comunitários não foram rompidos. Neles, são ofertados serviços que requerem acompanhamento individual e maior flexibilidade nas soluções protetivas.

Os serviços de proteção social especial de alta complexidade são aqueles que garantem proteção integral – moradia, alimentação, higienização e trabalho protegido para famílias e indivíduos que se encontram sem referência e/ou em situação de ameaça, necessitando ser retirado do convívio familiar e/ou comunitário.